| Panoramica episodio | Trama completa | POI | Cast e tecnici |
2001[]
Nei flashback Harold implementa il codice della macchina insegnandole a provare sentimenti e a prendere decisioni difficili, ma nei vari tentativi, alcuni moduli della macchina si ribellano e cercano di ucciderlo surriscaldando e incendiando alcuni server. Il fuoco avrebbe fatto scattare il sistema antincendio aspirando tutto l'ossigeno presente nella stanza, uccidendolo per asfissia.
2014[]
Nel mirino della squadra ci sono le elezioni governative, che vedono come possibili candidati James Murray e Michelle Perez. In particolare il nuovo numero è quello di Simon Lee, un membro del team che lavora alla campagna elettorale di Murray e che si occupa, già da diversi mandati, di esaminare l'andamento delle elezioni e predirne l'esito. Simon rassicura il responsabile della campagna elettorale che le elezioni si sarebbero chiuse, anche se non in modo schiacciante, con la vittoria di Murray per 52 a 48.
Essendo John impegnato con il suo lavoro di copertura da detective che lo obbliga a sottoporsi a delle sedute dalla psicologa del dipartimento, Shaw viene incaricata di seguire gli spostamenti del nuovo numero. Così, infiltratasi nel team delle elezioni, osserva Simon e cerca, insieme a Harold, di capire da dove possa venire la minaccia. Un fatto inaspettato ribalta la situazione mettendo sotto ai riflettori Simon, non solo le elezioni non seguono l'andamento previsto ma vengono vinte dall'avversaria, Michelle. Simon, convinto che i suoi calcoli fossero corretti, si reca dal responsabile dei seggi per assicurarsi che non ci fossero stati dei brogli. Root capisce allora che le elezioni erano state sabotate da Samaritan e che Simon è in pericolo a causa dei sospetti che ha riguardo il sabotaggio.
Dedotto che Il vero obiettivo di Samaritan era fare in modo che vincesse la Perez, Harold e Root cercano in rete informazioni compromettenti che la riguardino in modo da screditare la sua figura e ostacolare il piano di Samaritan. Inaspettatamente, durante una conferenza, Michelle si sente male perchè era stata drogata da Martine, e muore sotto gli occhi degli spettatori e delle telecamere, invalidando la teoria che l'obiettivo di Samaritan fosse far vincere la Perez. Simon allora apprende di essere in pericolo e si rifugia in un hotel che però è pieno di telecamere che vengono prontamente disattivate da Finch il quale provvede anche a isolare Simon impedendogli di effettuare chiamate o di connettersi a internet. Simon, utilizzando il telefono di una cameriera, riesce a fare una chiamata al 911 che viene rintracciata e fa arrivare sul posto Martine e tutti gli operativi di Samaritan. Ingaggiato lo scontro a fuoco, Root viene ferita a una spalla, mentre John e Shaw portano in salvo Simon.
Il giorno seguente Harold, dopo aver sostituito i documenti reali con alcuni falsificati, si presenta a Simon con falso nome e lo convince che non c'è stato alcun broglio deviando così l'attenzione di Samaritan da Simon salvandogli la vita. Nel frattempo, dopo la morte di Michelle, il suo vice, Nick Dawson prende il suo posto rendendo chiaro il piano di Samaritan, far vincere la Perez per poi ucciderla e far passare il comando al vice governatore Dawson, una marionetta sotto il controllo della nuova intelligenza.